해부터 시행되는 종합부동산세에서 일정 요건을 만족하는 임대주택은 종합부동산세 과세 대상에서 제외된다. 정부가 최근 발표한 종합부동산세법 시행령에서 주택을 매입해 임대업을 하는 주택임대사업자의 경우, 전용 면적 25.7평 이하이고 기준시가 3억원 이하인 동일 시(광역시) 또는 도 안의 5가구 이상 주택을 10년 이상 임대할 때만 종합부동산세 과세 대상에서 제외토록 하고 있다. 종합부동산세(보유세)는 주택의 경우 개인별로 보유 주택을 모두 합산한 기준시가가 9억원을 초과하면 매년 과세를 하게 된다.

 반면에 2005년 이전부터 임대사업자로 등록한 기존 임대사업자는 2가구 이상의 주택을 5년 이상 임대할 때 종합부동산세 과세에서 제외됐지만, 기존 임대주택의 경우에도 보유세 과세기준일(매년 6월1일) 현재 전용 면적 25.7평을 넘거나 기준시가가 3억원을 초과하는 경우에는 기득권을 상실하게 돼 종합부동산세 과세 대상이 된다. 이에 따라 기존 임대사업자 중 면적이나 가격 기준을 넘는 주택을 임대해 온 사업자의 세 부담도 늘어날 가능성이 높다.

 정부는 이번 개정안에서 서울 강남의 다주택 보유자들이 종합부동산세에서 벗어나는 것을 원칙적으로 차단했다. 예를 들어 강남에 아파트를 3가구 이상 보유한 경우 서울 지역에서 저가의 아파트를 2가구 더 매입해 장기 임대를 하더라도 대부분 기준시가가 3억원을 초과하므로 종합부동산세에서 자유로울 수 없기 때문이다.

 임대주택 사업 개시 시점에서는 기준시가가 3억원 이하여서 종합부동산세에서 제외됐지만, 향후 기준시가 상승으로 3억원을 초과하면 어떻게 될까.  이 경우에도 증축이나 개축을 통하지 않고 집값만 올랐다면 계속 종합부동산세 대상에서 제외된다. 다만 장기 임대주택 5가구를 보유하다가 그 중 1가구를 10년 이내에 매각하는 경우에는 5가구 전체에 대해 최초로 임대 사업을 시작한 때부터 면제받은 종합부동산세를 추징당하게 된다. 이렇게 종합부동산세에서 제외되려면 주소지 관할 시, 군, 구청에서 임대사업자 등록을 한 후 관할 세무서에서도 사업자 등록을 해야 한다.

 종합부동산세 대상자가 아닌 소규모 주택 임대사업자라 하더라도 보유세 감면 혜택을 받을 수 있다. 즉 국내에 2주택 이상을 임대 목적에 직접 사용하는 공동주택(아파트, 연립주택, 다세대주택)에 대해선 지방세인 재산세와 종합토지세는 감면 혜택을 주기 때문이다. 전용 면적 12평 이하인 공동주택은 재산세의 100%를, 전용 면적 18평 이하인 공동주택은 재산세의 50%를, 전용 면적 25.7평 이하인 공동주택은 종합토지세 감면 혜택을 적용받을 수 있다. 재산세를 감면받기 위해선 2가구 이상 임대주택을 확보한 후 거주지 관할 구청에 임대사업자로 등록하면 되고, 기존에 보유중인 주택을 이용해 임대사업자로 등록할 수도 있다.

 또한 임대 목적으로 최초로 분양받은 전용 면적 18평 이하의 공동주택은 취·등록세 면제 혜택도 가능하다. 다만 임대주택을 매입한 후 3년 이내에 매각할 경우 면제받은 취득세와 등록세를 추징당하게 되므로 유의해야 한다.

 주택 임대의 경우 고려해야 할 세금이 또 한 가지 있다. 임대소득에 대한 소득세가 바로 그것. 전세보증금으로 임대료를 받을 때에는 소득세가 과세되지 않는다. 또한 월세로 받더라도 고가 주택이 아닌 2주택 이하 보유자에 대해선 소득세가 원칙적으로 과세되지 않는다. 여기서 고가 주택이란 매년말 기준으로 기준시가가 6억원을 초과하는 주택을 말한다.