서울에서 직장생활을 하고 있는 임씨는 부친이 2002년에 사망하면서 남긴 농토가 행정중심복합도시에 포함되어 보상을 앞두고 있다. 임씨는 부친이 8년 이상 재촌하면서 농사를 지었으므로 양도소득세가 없으니 신경 쓸 필요가 없다고 생각했는데, 갑자기 정부에서 상속받은 농지에 대해 양도소득세 감면을 축소한다고 하자 불안한 마음으로 상담을 신청했다.
 대부터 이어온 농지가 정부의 각종 정책으로 수용 또는 협의 매수되는 경우 보상금을 수령하게 되므로 양도소득세가 발생하게 된다. 적게는 몇 십만 원, 많게는 몇 억 원에 해당하는 양도소득세를 내야 되는데 대부분 대토를 통해 비과세 받거나 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 통해 세금을 내지 않고 있다. 그러나 대토의 경우에는 보상금으로 새로운 농지를 구입하여 해당 농지소재지에서 3년 이상 거주하면서 계속하여 농사를 지어야 한다. 그래서 본인이 농지에 거주하면서 보상시점까지 8년 이상 농사를 지은 경우, 대토보다는 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 선택한다. 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 경우에 비록 본인이 농사를 짓지 않았다 하더라도 부친이 8년 이상 농사를 지은 후 사망하여 본인이 상속을 받은 경우에는 양도소득세 감면을 받을 수도 있다.

 그런데 앞으로는 상속 받은 농지에 대해 본인이 농사를 짓지 않는 경우에는 일정한 기간 내에 처분하지 않으면 양도소득세 감면을 받을 수 없게 된다. 말 많은 양극화 해소에 따른 재원마련의 일환으로 정부가 각종 비과세 감면을 축소하도록 정책을 정하면서 자경농지에 대한 양도소득세 감면제도에 대한 개정안을 내놓았기 때문이다. 그 내용을 살펴보면 상속 받은 농지의 경우 부친이 8년 이상만 경작하면 감면이 가능했지만 앞으로는 상속을 받은 자가 농사를 짓지 않은 경우에는 상속 받은 후 3년 이내에 양도(처분, 수용 등)하는 경우에만 양도소득세를 감면받을 수 있도록 했다.

 그 적용 시기는 공포일 이후 양도하는 분부터 적용하되, 다만 공포일 전에 농지를 상속 받은 경우에는 2007년 12월31일까지 양도하면 양도소득세를 감면받을 수 있도록 했다. 아직 국무회의를 통과하지 않아 공포되지 않았지만 2006년 1월9일 재정경제부에서 개정안을 공고하였으므로 곧 통과되어 시행될 것으로 예상된다.

 그럼 임씨의 경우를 살펴보자. 임씨는 본인이 농사를 짓지 않고 공포일 이전에 상속이 이루어 졌으므로 개정안에 따르면 2007년 12월31일 이전에 처분하여 보상금을 수령하거나 소유권이전등기를 해야만 양도소득세 감면을 받을 수 있다.

 앞으로 8년 이상 자격요건을 갖춘 상속받은 농지를 처분할 때 본인이 직접 농사를 짓지 않는 경우에는 상속개시일(보통 사망일)로부터 3년 이내에 처분하여 소유권이전등기 또는 잔금청산을 마쳐야만 양도소득세를 감면 받을 수 있음을 잊지 말아야 한다. 또 농지가 수용당하는 경우에는 보상가액 산정에 시간이 오래 걸리는 경우가 있는데 상속개시일로부터 3년 이내에 보상금 수령을 마치거나 소유권이전등기부터 먼저 하여 양도소득세 감면을 받지 못하는 경우가 없도록 하자.