50대인 김씨는 2002년 2월에 신축분양하고 있는 서울 소재 주상복합아파트를 최초로 분양받았다. 분양 당시 주상복합아파트를 시공하는 건설회사에서는 조세특례제한법(이하 조특법)에 근거하여 준공 후 5년 이내에 매각하면 양도세가 감면된다고 광고를 했다.
 씨는 투자가치뿐만 아니라 세금부분에서도 혜택을 볼 수 있다는 말에 분양을 받았다. 정부가 지난 2001년에 침체된 주택경기 활성화를 위해 일정기간 동안(2001.5.23~2002.12.31) 최초 분양받아 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도할 경우, 발생한 차익에 대해서 양도세를 감면한다는 규정을 마련했기 때문이다.

 이후 신축아파트는 2003년 10월에 준공되어 입주가 시작되었으며 김씨도 이쯤에서 기존 아파트를 매각하고 이사를 했다. 김씨가 분양받은 아파트는 그 당시 전용면적이 164㎡ 였다. 조특법 상 양도세 감면혜택을 적용받기 위해서는 신축주택 중 고급주택이 아니어야 한다는 제한이 있다. 분양 당시에 고급주택은 전용면적이 165㎡(약 50평) 이상이면서 양도 당시 매매가가 6억원을 초과하는 주택이었다. 따라서 시공사에서도 고급주택에 해당되지 않도록 전용면적을 165㎡ 미만인 164㎡로 분양했던 것이다.

 그 동안 양도세가 감면된다는 사실만 믿고 있었던 김씨는 2006년 2월에 주상복합아파트를 팔려고 인근 중개사무실에 매물로 내놨다. 주상복합아파트가 분양 당시보다 배 이상 올라 김씨는 매매차익을 어느 정도 얻었다고 판단했고, 퇴직 후 수도권의 전원주택으로 이사할 마음을 갖고 있었다.

 드디어 매수자가 나타나 매매금액을 조율하는 과정에 있었던 김씨는 어느 날 신문을 보다 깜짝 놀랐다. 본인과 같은 주상복합아파트의 경우, 발코니도 전용면적에 포함해야 한다는 국세심판원의 판결이 발표된 기사를 보았기 때문이다. 일반적인 아파트는 발코니가 전용면적에서 제외되어 왔고 주상복합아파트도 분양 당시에는 발코니면적이 제외되어 분양됐다. 하지만 국세심판원은 발코니가 일반적으로 건물 외벽에 부가적으로 설치되어 있는 일반아파트와 달리 주상복합아파트는 건물 내부에 발코니가 설치되어있어 주거전용면적으로 보아야 한다고 판결했다. 김씨의 주상복합아파트도 발코니면적을 고려할 경우, 고급주택 기준인 165㎡를 조금 초과하게 되어 양도세 감면혜택을 받을 수 없게 된다.

 원래 김씨는 6억원에 분양을 받았고 12억원에 매각하면서 양도세 감면혜택을 적용받을 계획이었다. 이럴 경우 양도세는 약 2억원 정도 예상되지만 조특법상 감면혜택을 적용받기 때문에 과세되지 않고, 감면세액의 20%인 농특세만 약 4000만원 납부하면 되었다. 하지만 국세심판원 판결로 김씨는 약 2억원 상당의 양도세 부담이 발생하게 됐다.

 이럴 경우 어떡해야 할까? 김씨가 보유하고 있는 주택이 주상복합아파트 1채이므로 지금 당장 처분할 게 아니라 올 11월 이후에 매각할 것을 권한다. 올 11월이 되면 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주하게 되어 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있기 때문이다. 그렇다면 11월 이후 매각 시 양도세는 얼마나 과세될까? 1주택이기 때문에 6억원을 초과하는 양도차익에 대해서만 양도세가 과세되어 약 8000만원의 세 부담이 예상된다. 물론 조특법상 양도세 감면혜택을 적용받는 것보다는 못하지만 그냥 매각하는 것보다 훨씬 세 부담이 줄어들게 된다.

 발코니면적이 전용면적으로 포함되어 고급주택에 새롭게 해당되는 주상복합아파트를 보유하고 있다면 위의 사례와 같이 다른 비과세나 감면혜택이 없는지 살펴보는 게 바람직하다.