A씨와 배우자는 2017년 1월 서울 관악구 소재 아파트를 7억원에 공동 명의(지분 50%씩)로 매수했다. 당시 해당 지역은 조정대상지역이 아니었으며, 아내는 매수 후에 한 달 늦게 전입신고를 마쳤다. 이후 2019년 6월 회사의 해외 파견 명령으로 인해 가족 모두 일본으로 출국했고, 약 1년 10개월 동안 계속해서 일본에 머물다가 2021년 4월 다시 귀국했다. A씨는 서울 관악구 소재 아파트를 보유 중이었고, 2023년 7월에는 해당 아파트를 전세로 임대하고 서울 은평구에 새 아파트를 매수했다. 2025년 3월에는 배우자가 보유하던 상가를 매도해 약 900만원의 양도소득세를 납부했다. A씨는 1가구 1주택 비과세 특례와 장기보유특별공제(이하 장특공) 및 합산 과세에 대한 상담을 요청했다.
1가구 1주택 비과세, 적용받을 수 있나
A씨 부부가 2026년 7월 전까지 기존 주택을 3년 보유 기간 및 2년 거주 기간 요건(조정대상지역인 경우)을 충족한 상황에서 매매하면 비과세 특례를 적용받을 수 있다. 주택 소유 가구가 종전 주택을 양도하기 전, 신규 주택을 취득함으로써 일시적 2주택이 된 경우 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우 1가구 1주택의 비과세 규정을 적용받기 때문이다. 1가구 1주택 비과세를 받기 위한 거주 기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 하고 주택의 취득일부터 양도일까지 통산한다.
여기서 장특공에 대한 이해가 필요하다. 장특공은 아파트 등 자산 보유 기간이 3년 이상인 장기 보유 자산(미등기 자산 제외)에 대한 양도소득 금액 산정 시 일정액의 공제(최대 80%)를 통해 부동산의 건전한 투자나 소유를 유도하고, 물가 상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대해 물가 상승분을 공제해 주기 위한 취지에서 마련했다. 이에 따라 1가구 1주택의 경우는 부동산 투기 목적이 없다고 봐서, 다른 부동산보다 상대적으로 더 많이 공제해 배려해 준다. 예컨대, 3년 이상 보유한 1가구 1주택의 경우, 2021년 1월 1일 이후 양도분부터 보유 기간 및 거주 기간에 따라 20~80% 공제를 적용한다. 더 자세히 설명하면, 보유 기간별 공제율(4%)을 곱해 계산한 금액과 거주 기간별 공제율(4%)을 곱해 계산한 금액을 합산해 공제한다.
1가구 1주택 양도의 비과세와 장특공은 그 목적이 다르므로, 특별한 사정이 없으면 1가구 1주택 양도의 비과세 요건이 그대로 장특공에 적용되는 것이라고 볼 수는 없다. 비과세 요건을 충족했다고 해서 장특공이 적용되지 않을 수도 있고, 비과세 요건을 충족 못 해서 과세되더라도 장특공 요건만 충족하면 보유 기간 및 거주 기간에 대해서 4%의 공제율을 적용받을 수 있다. 따라서 비과세 요건과 상관없이 장특공 요건이 모두 충족되었는지를 판단하는 것이 중요하다. 주택 양도 시 장특공 적용을 위한 보유 기간은 해당 주택의 취득일(초일 산입)부터 산정하며, 거주 기간은 해당 주택 취득 이후 실제 거주한 기간에 따른다.
장특공 거주 기간 계산 시 1가구 기준 계산여부
소득세법 제95조 제2항에 따르면, 소득세법령상 장특공의 거주 기간별 공제율 산정과 관련해 거주 기간 산정 방법에 대한 명문 규정이 없다. 같은 법 제94조 제1항에 따른 자산으로서 보유 기간이 3년 이상인 것에 대해 그 자산의 양도 차익에 표1의 보유 기간별 공제율(2%)을 곱해 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하고, 1가구 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 표2의 보유 기간별 공제율(4%)을 곱해 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 한다고 규정하고 있을 뿐이다. 1가구 1주택의 비과세 거주 기간 판정에 관한 규정인 같은 법 시행규칙 제71조 제3항을 원용해 부득이한 사정에 의해 가구원 일시 퇴거라고 하더라도 다른 시군으로 주거를 이전한 경우에 해당하지 아니한다면 동기간을 거주 기간으로 인정하지 않는 것은 불합리해 보인다. 따라서 주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거 기간으로 보아 이를 거주 기간에 포함해 장기보유특별공제액을 산정함이 타당하다(조심2024서2733). 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 장특공 거주 기간별 공제액 계산 시 거주자가 사업장의 형편 등 부득이한 사유로 본래의 주소 또는 거처에서 일시 퇴거한 경우 나머지 가구원이 양도 대상 주택에 머무른 기간을 거주 기간에 포함할 수 있다. 가구원 일부가 근무상 형편으로 처음부터 거주하지 않은 경우 등 부득이한 사유가 있으면 표2에 따른 장특공 거주 기간별 공제액 계산 시, 가구원 일부가 거주하지 못한 기간을 포함할 수 있다.
반면 표2의 공제율 적용 시 업무 관련 사정 등으로 가구 전부가 거주하지 못한 기간은 공제 대상 거주 기간에 포함하지 않는다.
가구의 구성원 중 일부의 취학상 형편으로 가구 전원이 거주하지 않은 기간도 거주 기간에 해당하지 않는다. 국외 거주를 필요로 하는 근무상 형편 등 부득이한 사유로 가구 전원이 출국해 거주하지 않은 기간도 거주 기간에 포함하지 않는다. 즉, 과세당국은 장특공 산정을 위한 거주 기간을 계산할 때 가구 기준 판단이 원칙이다.
1월 1일~12월 31일(1 과세기간)에 2건 이상의 부동산을 양도할 경우 해당 부동산에서 발생한 양도소득을 전부 합산한 과세표준에 누진세율을 적용해 계산된 양도소득세를 과세 관청에 확정신고해야 한다. 양도소득세 과세기간인 1월 1일~12월 31일 1건의 부동산만 양도했을 경우 예정신고만 해도 되며 확정신고는 안 해도 된다.
그러나 1 과세기간에 2건 이상 부동산을 양도했을 경우는 다르다. 예정신고를 이행하면 확정신고하지 않아도 되지만, 누진세율이 적용되는 자산의 예정신고를 2회 이상 이행하면 확정신고를 해야 한다. 예를 들면, 토지와 건물 등을 2건 이상 양도한 경우가 이에 해당한다. 각각 예정신고를 했더라도 소득세법 제104조 제5항(세율 적용) 적용 시 애초 신고한 양도소득 산출 세액이 달라지는 경우에는 확정신고를 해야 한다. 두 번째 부동산을 합산신고할 경우 이듬해 5월에는 확정신고를 안 해도 된다.
다만 두 번째 부동산을 합산신고하지 않고 각각 예정 신고 및 납부한 경우에는 합산신고로 추가 납부 세액이 발생하거나 환급받을 세액이 발생해도 내년 5월에 반드시 확정신고를 해야 한다. A씨 부부의 아파트 양도소득세는 지방세 10%를 포함해서 약 5800만원이다. 공동소유이므로 각자 35% 세율이 적용된다. 내년에 아파트를 양도할 경우 배우자는 합산 과세하지 않아도 된다. 따라서 상가 양도세 약 900만원(15% 세율)을 포함해도 배우자의 양도세는 3800만원이다. 올해 아파트를 양도할 경우 배우자는 합산해서 신고해야 하므로 양도세는 1700만원이 증가한 약 5500만원이 된다. 38%의 누진세율이 적용되기 때문이다. 절세의 핵심은 부동산 양도 시기 조정이다.